RT-LAMP, Metode Alternatif untuk Test COVID-19

Mengingat semakin cepat penularan dan jumlah yang terinfeksi virus penyebab COVID-19 (SARS-CoV-2) kian meningkat tajam, rapid test untuk deteksi awal terhadap pandemi COVID-19 merupakan salah satu tindakan yang tepat. Jika dibandingkan dengan virus SARS dan MERS, penularan penyakit COVID-19 terjadi lebih cepat dan dalam lingkup yang lebih luas. Hal itu disebabkan karena faktor peningkatan laju arus globalisasi dan perluasan keberadaan titik fokus epidemi [1]. Selain kedua faktor tersebut, dilihat dari karakteristik kekakuan shell, virus penyebab COVID-19 termasuk pada kategori B yang artinya virus ini dapat ditransmisikan melalui pernafasan dan cenderung bertahan lebih lama dalam cairan tubuh dan lingkungan daripada jenis virus lainnya, seperti penyebab SARS dan MERS [2]. Faktanya, virus penyebab COVID-19 ini dapat bertahan di luar tubuh untuk jangka waktu yang lebih lama daripada SARS [2]. Daya imun tubuh yang lemah serta kondisi buruk dari infrastruktur di bidang kesehatan menjadi faktor pendorong kenaikan jumlah pasien terinfeksi oleh virus ini. Melihat urgensi yang terjadi, tes cepat untuk COVID-19 dapat diterapkan sesuai kebutuhan klinis. Secara umum, uji tes diagnosis pada pandemi COVID-19 dilakukan dengan menggunakan metode RT-PCR. Metode ini mempunyai kelemahan, antara lain membutuhkan waktu yang lama dan biaya mahal serta peralatan khusus.  Adapun sebagai alternatif metode uji dapat dilakukan melalui RT-LAMP.

Metode uji RT-LAMP (Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification) merupakan metode pengujian klinis yang cepat dan lebih akurat dibandingkan RT-PCR. Prinsip uji RT-LAMP melibatkan asam nukleat yang diamplifikasi secara isotermal [3]. Teknik ini menggunakan DNA polymerase dan empat sampai enam primer yang secara spesifik berikatan dengan genom target pada sisi yang berbeda-beda. Uji diagnosis ini dapat dilakukan menggunakan sampel serum, urin, saliva, swab nasofaring, dan swab orofaring dengan target oligonukleotida virus SARS-CoV-2 [4]. Pengujian juga memakai Thermolabile Uracil-DNA Glycosylase (UDG) dalam semua reaksi untuk mencegah kemungkinan kontaminasi carry-over (masalah dalam diagnosis molekuler) [4]. Reaksi ini mampu mensintesis DNA target hingga menghasilkan 10⁹ salinan dalam kurun waktu satu jam pada kondisi temperatur konstan 65^oC [5]. Produk akhir berupa stem-loop DNA dengan beberapa pengulangan terbalik dari target dengan bantalan struktur menyerupai bunga kembang kol [5]. DNA yang teramplifikasi dapat dideteksi berdasarkan turbiditas (derajat kekeruhan akibat hasil sampingan reaksi yang terjadi), warna (dengan menambahkan pewarna sensitive pH), atau fluoresensi (dengan menambahkan pewarna berfluoresensi yang dapat berikatan dengan DNA) [3].

Pengujian dengan RT-LAMP menghasilkan reaksi yang spesifik (karena menggunakan 4-6 primer) dan sensitif (memiliki limit deteksi sekitar 75 kopi DNA per microliter) terhadap virus penyebab COVID-19. Dari hasil penelitian, hanya sampel yang mengandung virus penyebab COVID-19 dan bukan MERS, BtCoV, atau MHV yang memiliki reaksi RT-LAMP positif [4]. Sensitivitas tes cepat COVID-19 dengan uji LAMP (>95%) lebih baik dibandingkan uji IgM / IgG (88,66%) [5]. Selain itu, waktu ujinya pun yang singkat dan akurat dalam mendeteksi virus penyebab COVID-19 ini. Pada penelitian lain menyebutkan bahwa metode uji RT-LAMP dengan bahwa pelaksanaan uji diagnosis ini hanya memerlukan waktu sekitar 30 menit dan dapat dilakukan dengan cara yang lebih praktis di luar laboratorium pusat pada berbagai jenis sampel biologis [4].

Nah, jadi begitu sobat sains pemaparan mengenai alternatif metode uji COVID-19. Jika pengujian dapat dilakukan secara cepat, akurat,murah, dan mampu menjangkau banyak orang, maka tingkat mortalitas dapat ditekan sekecil mungkin.

Sumber:

[1]        Peeri C. Noah, dkk. 2020. The SARS, MERS and novel coronavirus (COVID-19) epidemics, the newest and biggest global health threats: what lessons have we learned?. Center. The International Epidemiological Association (IEA)

[2]        Goh, Gerard K-M. 2020. Rigidity of the Outer Shell Predicted by a Protein Intrinsic Disorder Model Sheds Light on the COVID-19 (Wuhan-2019-nCoV) Infectivity. Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)

[3]        Udugama, Buddhisha, dkk. 2020. Diagnosing COVID-19: The Disease and Tools for Detection. American Chemical Society-ACS Nano

[4]     Lamb E. Laura, dkk. 2020. Rapid Detection of  Novel Coronavirus (COVID-19) by Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal Amplification. Social Science Research Network

[5]      Nguyen, Bang, dan Wolff. 2020. 2019 Novel Coronavirus Disease (COVID-19): Paving the Road for Rapid Detection and Point-of-Care Diagnostics. Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)